SVIBOR - Projekt broj: 1-08-021

MINISTARSTVO ZNANOSTI I TEHNOLOGIJE

Strossmayerov trg 4, HR - 10000 ZAGREB
tel.: (01) 459 44 44, faks: (01) 459 44 69
E-mail: ured@znanost.hr

SVIBOR

SVIBOR - Prikupljanje podataka o projektima u RH

Šifra projekta: 1-08-021


STRUKTURA, SLOŽENOST I STABILNOST GENOMA STREPTOMICETA


Glavni istraživač: HRANUELI, DASLAV (16520)


Suradnici
Tip istraživanja: temeljno
Trajanje od: 01.01.91. do 15.12.95.
Ukupno radova na projektu: 35
Radovi na projektu citirani u Current Contents: 7
Naziv ustanove: Prehrambeno-biotehnološki fakultet, Zagreb (58)
Odjel/Zavod: Zavod za biokemijsko inženjerstvo Laboratorij za biologiju i genetiku mikroorganizama
Adresa: Pierottijeva 6
Grad: 10000 - Zagreb, Hrvatska
Komunikacija
Telefon: +385 (0)1 41-70-44
Telefon: +385 (0)1 18-19-59
teleFaks: +385 (0)1 41-14-36
teleFaks: +385 (0)1 18-16-06
Sažetak: Soj R6 vrste Streptomyces rimosus genetički je vrlo nestabilan i pokazuje svojstvo degeneracije soja gubitkom jednog ili više od pet fenotipskih svojstava (sporulacije, pigmentacije, oblika i veličine mikrobnih kolonija, sposobnosti biosinteze oksitetraciklina i rezistencije na vlastiti antibiotik). U ovom će projektu biti potanko istražena učestalost pojavljivanja različitih tipova morfoloških varijanata, uz prikupljanje zbirke reprezentativnih tipova. U varijantima će se ispitati pojavljivanje amplifikacija određenih dijelova DNA i mogućnost pojave velikih delecija. Konstruirat će se kozmidna genoteka soja S. rimosus R6. Genoteka će biti upotrijebljena za kloniranje dijelova DNA roditeljskog soja, koji su podložni preraspodjelama (posebno amplifikacijama i delecijama), u svrhu iscrpne karakterizacije molekularne prirode zapaženih preraspodjela. Razradit će se metode za uvođenje genetičkih biljega u kromosom soja S. rimosus R6. Temeljit će se na metodama koje se već uspješno primjenjuju u vrste S. lividans. Gubitkom genetičkog biljega pratit će se učestalost pojavljivanja delecija DNA. Štoviše, ispitat će se da li se selekcijom za genetiški biljeg, koji je uveden u dio DNA podložan delecijama, mogu spriječiti delecije i stabilizirati soj. Soj S. rimosus R6 ima gigantski linearni plazmid i dva provirusa, RP2 i RP3. Obavit će se daljnja istraživanja molekularne biologije soja S. rimosus R6 konstrukcijom fizičke mape kromosoma (i njegova linearnog plazmida) i pojedinačnom karakterizacijom njegova dva provirusa.Te će spoznaje pridonijeti razvoju stabilnih vektora prikladnih za kloniranje DNA u vrste S. rimosus. Prethodno je pokazano da soj S. coelicolor A3(2) ima pokretljivi genetički element IS117, prisutan u obliku 2,6 kb mini-kruga, ali je i integriran na dva različita mjesta u kromosomu bakterije. Očekuje se da će, uvođenjem IS117 u stanice vrste S. lividans, doći do njegove integracije u jedno povlašteno mjesto u kromosomu. Također se očekuje da u kromosomu postoje i mnoga druga manje povlaštena mjesta. Odredit će se redoslijed parova baza dijelova DNA, koji sadržavaju manje povlaštena mjesta za integraciju IS117, i usporediti s redoslijedom parova baza povlaštenog mjesta. Osim toga, ispitat će se moguće preraspodjele dijelova DNA do kojih bi moglo doći zbog integracije IS117 u druga manje povlaštena mjesta.

Ključne riječi: Streptomyces, genetička nestabilnost, bakterijski kromosom, linearni plazmid, provirusi, pokretljivi genetički element

Ciljevi istraživanja: Streptomicete sintetiziraju 75 % od svih komercijalno važnih antibiotika, kao i mnoge druge - za medicinu - korisnesupstancije (npr. kancerostatike, antiparazitike, inhibitoreenzima i imunosupresivna sredstva). Više od 40 godinafarmaceutska industrija selekcionira proizvodne sojeve zbog većegprinosa antibiotika, ali su ti hiperproducenti često genetičkinestabilni. Temeljni cilj ovoga projekta jest: bolje razumijevanje molekularnih osnova genetičke nestabilnosti uhiperproducenata i uporaba tih informacija u pripravi stabilnihderivata s povećanim proizvodnim potencijalom. Specifični su slijedeći ciljevi: (a) Analiza genetičkih preraspodjela dijelova DNA (npr. delecija, duplikacija i amplifikacija) koje se pojavljuju u nestabilnih izolata soja S. rimosus R6. (b) Karakterizacija dodatnih genetičkih elemenata (gigantskog linearnog plazmida i provirusa) i ispitivanje njihove uloge u biosintezi antibiotika i genetičkoj nestabilnosti, te konstrukcija stabilnih vektora. (c) Konstrukcija fizičke mape kromosoma soja S. rimosus R6 ipripisivanje genetičkih biljega fizičkoj mapi. (d) Analiza povlaštenog i manje povlaštenih mjesta za integraciju pokretljivog genetičkog elementa IS117 soja S. coelicolor A3(2) i određivanje stupnjeva sličnosti među njima. Genomi su nekih prokariota vrlo stabilni za razliku od genoma streptomiceta koji pokazuju zavidnu nestabilnost. Predložena će istraživanja, utvrđivanjem molekularne prirode genetičke nestabilnosti kod streptomiceta, pridonijeti boljem razumijevanju te zagonetke. Osim toga, omogućit će prikupljanje potrebnih informacija za pripravu stabilnih proizvodnih sojeva u farmaceutskoj industriji. Dobivena temeljna znanja/oruđa bit će odmah primijenjena u drugim dijelovima ovog projekta, u svrhu ostvarivanja temeljnog cilja.

SURADNJA - PROJEKTI


  1. Naziv projekta: 1-08-058 Ekspresija gena u micelijskim mikroorganizmima
    Naziv ustanove: PLIVA Istraživački institut, Biosinteza i biotehnologija
    Grad: 10000 - Zagreb, Hrvatska

  2. Naziv projekta: CI1*/0527-C(MB) Molecular mechanisms of genetic instability and strain degeneration in streptomycetes
    Naziv ustanove: Universit„t Kaiserslautern, LB Genetik
    Grad: D-67653 - Kaiserslautern, FRG

  3. Naziv projekta: The study of actinophages RP2 and RP3 as the accessory genetic elements of Streptomyces rimosus genome
    Naziv ustanove: Universit„t Mnchen, Institut fr Genetik und Mikrobiologie
    Grad: D-80638 - Mnchen, FRG

SURADNJA - USTANOVE


  1. Naziv ustanove: PLIVA Istraživački institut, Biosinteza i biotehnologija
    Tip ustanove: Neprofitna
    Tip suradnje: Zajednički projekt
    Grad: 10000 - Zagreb, Hrvatska
Ostali podaci o projektu.
MZT Engleski jezik SVIBOR Abecedni popis Složeno po šifri projekta Složeno po ustanovi projekta Pretraga Pomoć
Ministarstvo znanosti
i tehnologije		 Engleski
jezik		 Svibor
početna stranica		 Abecedni
popis		 Složeno po
šifri projekta		 Složeno po
ustanovi projekta		 Pretraživanje Pomoć
Datum zadnje promjene: 09.10.95
Informacije: svibor@znanost.hr